آموزش و پژوهش فلسفه دین در ایران، بهعنوان شاخهای اساسی از مطالعات فلسفی درباب دین، در سه دهه گذشته تاکنون با چالشها و موانع متعددی مواجه بوده است که برخی از آنها عبارتند از: ۱. بستر نسبتا الحادی و غربی- مسیحی فلسفه دین، که موجب بدبینی نسبت به آن در جامعه دینی ایران شده است. ۲. عدم تقید فلسفه دین به پیشفرضهای کلامی سنت اسلامی، که بعضا موجب رویکرد انتقادی به آموزههای سنت دینی اسلامی شده است. ضمن اینکه نگرانی علمای دینی از گسترش بیدینی در نتیجه رشد فلسفه دین به علت نقش مباحث عقلانی آن در اتخاذ رویکرد انتقادی یا فرادینی به دین و اعتقادات دینی دارای اهمیت خاص خود است. ۳. سطح پایین معرفت دینی مردم و غلبه وجه تقلیدی اعتقادات دینی، که موجب آسیبپذیری بیشتر دینداری آنها در نتیجه گسترش رویکرد فلسفی به دین میگردد. ۴. پیشفرضهای کلامی علمای دینی، که مانع اقبال به رویکرد فلسفی به دین شده است. ۵. غلبه نگرش انحصارگرایانه نسبت به سنت دینی خودی، که موجب نادیده گرفتن مزایای دیگر سنتهای دینی است که در نتیجه رویکرد فلسفی به دین ممکن است حاصل شود. ۶. غلبه تاریخی رویکرد فقهی در سنت دینی و دینداری اسلامی، که موجب دوری از نگرش فلسفی و عقلانی و تقویت رویکرد تقلیدی به دین شده است. نتیجه حاصل از این موانع، رشد کُند فلسفه دین و مواجهه اندیشمندان طرفدار آن با مشکلات و چالشهای فراوان در مقام آموزش و پژوهش آن است. به همه این موانع بایستی خطرات ناشی از بدفهمی برخی موضوعات و مسائل فلسفه دین را افزود که موجب انحرافات دینی و ضربه زدن به دینداری مردم میگردد.
