دوفصلنامه‌ی «پژوهش‌های مابعدالطبیعی» بر موضوعات مابعدالطبیعی متمرکز است و در حوزه‌ی موضوعی و شاخه‌های مابعدالطبیعه، وجودشناسی، الهیات، کلام، و فلسفه‌ی دین مقالات پژوهشی و ترویجی را بررسی می‌کند و در نظر دارد مطالعات مربوط به این حوزه را بهبود بخشد. چشم‌انداز نشریه پرداختن به موضوعات ذیل است: ظرفیت‌های فلسفه‌ی اسلامی معاصر  برای پاسخ‌دهی به پرسش‌های انسان معاصر؛ چالش‌های پیش روی فلسفه‌ی اسلامی معاصر؛ افق‌های آینده پیش روی فلسفه‌ی اسلامی معاصر؛ فلسفه‌ی اسلامی معاصر و فلسفه‌های مضاف؛ فلسفه‌ی اسلامی معاصر و علوم طبیعی و انسانی جدید؛ نسبت فلسفه‌ی اسلامی معاصر با فلسفه‌های غربی جدید و معاصر؛ وضعیت فلسفه‌ی اسلامی معاصر در ایران؛ وضعیت فلسفه‌ی اسلامی معاصر در ملل مسلمان، و مراکز دانشگاهی غرب؛ ابعاد نوآوری‌های فلسفی فیلسوفان مسلمان معاصر؛ نسبت فلسفه‌ی اسلامی معاصر با حکمت متعالیه ملاصدرا، حکمت مشاء و حکمت اشراق؛ نسبت فلسفه‌ی اسلامی معاصر با معارف و علوم اسلامی، به‌ویژه کلام، تفسیر، عرفان، و فقه؛ نسبت فلسفه‌ی اسلامی معاصر و فلسفه‌ی تطبیقی و دیگر موضوعات مرتبط با فلسفه‌ی اسلامی معاصر.